表观遗传不佳

第4部分:创始人效应问题

阿尔玛·兰尼(Alma Laney)和艾莉森·伯恩斯坦(Alison Bernstein)

这是第四篇文章 系列 关于跨世代的遗传,表观遗传学和草甘膦解决了论文发表所提出的问题, 草甘膦诱导的表观遗传的世代遗传的病理学和精子突变的评估:世代毒理学.

创始人效应问题

在本文中,作者报告了创始人效应的存在。一个 创始人效应 是由少数“创始人”建立的新种群导致的遗传多样性减少。使用近交品系的繁殖实验(如讨论中的论文)更容易遭受创始人的影响。实际上,作者确实报告了创始人的影响。

作为该实验的对照,由于草甘膦溶解在PBS中,因此作者使用了PBS(磷酸盐缓冲盐水)媒介物对照。作者确定了来自一位女性和一位男性的控制谱系的奠基者效应。这些小鼠的F2后代几乎都肥胖。他们删除了所有源自这些动物的个体。去除这些动物是适当的。但是,这引起了有关这些动物遗传学的其他一些担忧。鉴于肥胖症是这项研究的主要终点之一,因此其他家族谱系可能还会有其他更温和的创始人效应(同样,因为他们使用了近交系)。

肥胖小鼠创始人效应
肥胖小鼠图像来自人类基因组计划 维基媒体 .

将这些动物从研究中移除后,对照组中的老鼠数量就不多了,因此研究人员将其替换为同时进行的研究中的对照动物。除了他们的对照组不同之外,这不一定是一个问题。这些新的对照动物用 二甲基亚砜 (DMSO)车辆,而不是PBS车辆。在病理分析中,他们验证了两组在统计学上没有差异。

但是, 主成分分析 ( PCA )中的甲基化数据引起了关于DMSO和PBS处理的动物是否可以等同并可以互换使用的疑问,尤其是用于甲基化分析时。简单来说,PCA是一种将大型数据集分组并可视化二维或三维数据组位置的方法。通过在图表上相隔多远,可以看到不同的处理方式有多相似。

如果查看第一代和第二代的DMR PCA 分析,则DMSO和PBS控件不会聚在一起。这些PCA图显示,直到F3代,PBS控件和DMSO控件才相似。鉴于本文的主要问题是这是否是跨代表观遗传遗传的一个例子,因此使用允许作者准确地用作每一代表观遗传标记基线的控制非常重要。

由于控件内的变化程度如此之高,差异分析变得难以解释。由于下一节将讨论的原因,F1的差异较少引起关注,但F2的差异却是一个更大的问题,因为对于手头的问题,实际上是F2到F3甲基化模式之间的重叠。如果F2中没有一致的基线,则无法确定该代的甲基化差异区域。


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