表观遗传不佳

第6部分:甲基化分析

阿尔玛·兰尼(Alma Laney)和艾莉森·伯恩斯坦(Alison Bernstein)

这是第六个帖子 系列 关于跨世代的遗传,表观遗传学和草甘膦解决了论文发表所提出的问题, 草甘膦诱导的表观遗传的世代遗传的病理学和精子突变的评估:世代毒理学.

甲基化分析是否存在问题?

当本文发表时,Twitter上对图3中的维恩图有很多争议,而且一代又一代缺乏重叠的差异DNA甲基化区域(DMR)。这些批评仅部分有效。在考虑对不同世代的不同影响时要记住的重要一点,父母(P0世代),儿童(F1世代)和孙子(F2世代)的暴露途径和剂量都非常不同,因此我们不一定希望看到在这些世代中,类似的表观遗传结果。如果发生跨代表观遗传,我们可能期望看到表观遗传调控的相似之处,是从孙代(F2代)到曾孙代(F3代)。

甲基化分析
//www.nature.com/articles/s41598-019-42860-0/figures/3

F1和F2之间没有重叠是生物学意义。 F1直接在子宫内暴露,而F2在受精和发育之前作为生殖细胞暴露。有不同的暴露情况,没有理由假设它们必然会产生相似的表观遗传变化模式。但是,如果作者要得出跨代表观遗传的结论,则F2和F3之间的重叠很重要。

此处的有限重叠与以下想法一致:鉴于大多数基因组都经历了第二次去甲基化浪潮,因此只有有限比例的基因组可用于跨代遗传。在这里,有3个已鉴定的DMR显示了跨代遗传。这低吗?高吗我们确实没有可参考的参考框架。我们所知道的是,如此少量的重叠DMR与本实验室以及其他研究跨代表观遗传遗传的研究相当一致。将这3个DMR表征为可能的跨代遗传的潜在介体似乎是这里最吸引人的发现,但是几乎没有探索这3 DMR的位置以及它们可能在做什么。

鉴于只有3个潜在的基因座可以进行跨代遗传,因此很高兴看到生物学证实显示这些不是3个假阳性(即使像他们一样使用了错误发现率截止值,这仍然是可能的)。 检查这些分子在F2与F2中是高甲基化还是低甲基化也将很有用,并且可以提供典型信息。最后,根据哪些基因组区域比提供的数据更有趣和有益的信息来讨论它们的潜在生物学作用。

从技术上讲,它们的甲基化分析方法是标准的。 MeDIP-Seq是一种常用方法,并且使用的生物信息学工具也很合适。但是,目前尚不清楚它们是否具有足够的统计能力并具有表型异质性,也不清楚来自多个动物的精子汇集会对结果产生什么影响。

此外,他们选择用来显示数据的数字不是很有帮助。

  • 在图3中,标准是报告已识别DMR数量的表。图3D是我们在上面讨论的Twitter声名狼藉的维恩图。
  • 图4几乎没有告诉我们,只是DMR像预期的那样位于所有染色体上,但是从这些图中确实没有任何有用的信息可收集。
  • 图5a是一个排列分析,可用于多代差异甲基化模式的测试中,以确认这些DMR是真实的,但是该方法的详细信息并未在该方法中报告,并且我们未找到所有其他脚本。
  • 图5b包括前面讨论的F3的PCA分析。该图的文字指出,F1和F2代的DMSO控件和PBS控件的PCA是相似的,但是,如上所示,当实际查看它们时,并不清楚它们是否确实相似。
甲基化分析
  • 图6显示了非常高级的基因本体分析,这是一种开始了解给定基因集中哪些功能可能受到影响的方法。基因本体仅仅是探索甲基化结果的第一步,并不是十分有用,部分是因为图6a中列出的基因本体术语太高了。

不跟进可能是实际跨代表观遗传遗传的潜在候选者的3个DMR似乎是一个错失的机会。总体而言,这似乎是对他们所做的DNA甲基化非常广泛的表征的粗略和不完整的分析。


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